Σκοπός του ΕΛΙΔΕΚ είναι η προαγωγή της έρευνας και της καινοτομίας στη χώρα και ειδικότερα η αξιολόγηση και χρηματοδότηση της ελεύθερης έρευνας, δηλαδή των ερευνητικών δραστηριοτήτων και των τεχνολογικών εφαρμογών που προκύπτουν από επιστημονική περιέργεια, χωρίς θεματικούς αποκλεισμούς ή γεωγραφικούς περιορισμούς, με μοναδικό κριτήριο την επιστημονική ποιότητα και αριστεία.
Το ΕΛΙΔΕΚ δημιουργήθηκε από τη ζωτική ανάγκη υποστήριξης των νέων επιστημόνων και ως αναγκαίο εργαλείο στην προσπάθεια αναστροφής του φαινομένου εκροής σπουδαίων επιστημόνων στο εξωτερικό. Πράγματι, ένας από τους βασικούς στόχους του ΕΛΙΔΕΚ είναι να αποτελέσει τροχοπέδη στην επιστημονική και οικονομική αιμορραγία που συνεπάγεται η απώλεια των προικισμένων Ελλήνων ερευνητών.
Για την εκπλήρωση των στόχων του, το ΕΛΙΔΕΚ:
- Χορηγεί υποτροφίες για τη διεξαγωγή διδακτορικών διατριβών και μεταδιδακτορικών μελετών
- Χρηματοδοτεί υψηλής ποιότητας ερευνητικά προγράμματα με επιστημονικούς υπεύθυνους Μεταδιδάκτορες, Ερευνητές και μέλη ΔΕΠ
- Χρηματοδοτεί την αγορά ερευνητικού εξοπλισμού
- Διευκολύνει την πρόσβαση Πανεπιστημίων, Τ.Ε.Ι. και ερευνητικών και τεχνολογικών φορέων στη χρηματοδότηση καινοτόμων ερευνητικών προγραμμάτων
- Υποστηρίζει τη δημιουργία και λειτουργία νεοφυών επιχειρήσεων για την εκμετάλλευση ερευνητικών αποτελεσμάτων